Fue fundado el 21 de enero de 1931 con el nombre de Club Náutico Avellaneda. Al año siguiente, la institución se fusionó con el Club Sportivo Refinería Argentina y tras la unión de ambas entidades la nueva denominación fue de Club Náutico Sportivo Avellaneda.

Su primera afiliación a la ARF se dio a finales de los ‘80, para participar en los campeonatos de fútbol, aunque su recorrido fue breve. Se reintegró a la Asociación Rosarina en el 2015, esta vez para competir en futsal y desde entonces se erigió como una de las instituciones con más deportistas desarrollándose en los campeonatos locales.

En su palmarés se destaca la obtención del título de Primera A masculina que consiguió en el año 2021. Además, esa misma temporada, con su segunda línea levantó el campeonato de Primera C masculina. Por último, en 2022 se adjudicó la Copa de Oro en la categoría Veteranos.

¡Felicidades, Náutico!