El club comenzó a funcionar el 28 de febrero de 2005 en la localidad de Funes, como una agrupación de padres que buscaban un espacio para que sus hijos practiquen fútbol. En sus primeros años se denominaba Agrupación Defensores de Funes (ADF), creado por Hugo Mendoza y Héctor Dagatti, entre otros. Comenzaron con infantiles, desarrollándose en la liga Ardyti.

El estadio Municipal José de San Martín, de la ciudad de Funes, le sirvió como lugar para los entrenamientos y las competencias durante sus primeros años. En el año 2015 comenzaron a participar con categorías inferiores en la liga ARFI, y en el año 2016 incorporaron la Primera División. También en el 2016 dejaron de ser una simple agrupación de padres, para pasar a ser una Asociación Civil con Personería Jurídica, denominada desde entonces Defensores de Funes, bajo la presidencia de Miguel Sottosanti.

En el 2017 dieron el gran salto, trayendo todas las divisiones infantiles y juveniles a competir en la Asociación Rosarina de Fútbol. Más adelante sumarían sus equipos de Primera División tanto masculino como femenino.

A principios de 2018, con la gran necesidad de tener un espacio propio, se conformó en el club la Sub-Comisión del Predio. A fines de ese mismo año, luego de mucho esfuerzo, respeto y orden en todos los aspectos, festejaron el ascenso de sus categorías juveniles, de la división A3 a la división A2 de la ARF. Además, cumplieron el tan anhelado sueño de tener predio propio, en un incansable trabajo en conjunto de la Sub-Comisión del Predio, el Poder Ejecutivo y el Poder Legislativo de Funes.

La jóven institución disfrutó en estos años de actividad de ver el enorme crecimiento con un objetivo muy sólido, pensando principalmente en el aspecto humano por sobre el logro deportivo. Durante el 2021, a partir de un subsidio otorgado por la provincia, lograron la construcción de 3 vestuarios (local, visitante y árbitros), utilería, 3 baños (mujeres, hombres y personas con discapacidad) y buffet. En el 2022 lograron la habilitación de la Asociación Rosarina de Fútbol para competir en sus propias instalaciones en todas las categorías femeninas y masculinas. Hoy el club cuenta con alrededor de 400 niños, adolescentes y jóvenes en 22 categorías: 12 categorías en Infantiles femeninas y masculinas que van de 2017 a 2012; 7 categorías en inferiores desde la pre-décima a quinta división; y Primeras Femenina y Masculina.

El 2023 fue un año de grandes alegrías para el Defe. Por un lado, su Primera División masculina se consagró campeona de la Copa Raúl Dariozzi de Primera C, logrando así su primer título en ARF y quedándose con el ascenso a la segunda categoría también por primera vez en su historia. Además, esta conquista fue acompañada por otra escalada divisional, ya que su línea de Inferiores masculinas también ascendió, en ese caso a la A2.

*Reseña suministrada por la dirigencia del club.