La historia de Coronel Aguirre nace de la fusión de dos clubes. El 10 de octubre de 1924 fue fundado el Club Atlético Gobernador Gálvez, el cual se identificó con los colores rojo y verde en atribución a los banderines señalizadores de la estación ferroviaria. Posteriormente se fundó en la ciudad un nuevo club, al cual se denominó Coronel Aguirre.

El 14 de diciembre de 1945 se reunieron socios, simpatizantes y autoridades de ambas instituciones. El Dr. Fernando Filippini era el presidente del C. A. Gobernador Gálvez y el Sr. Juan Facchetti del C. A. Coronel Aguirre. Filippini dio inicio a la Asamblea exponiendo las dificultades económicas por las que atravesaba su club, y propuso posteriormente unir a ambas entidades. Así fue que se dio curso al proyecto y ambos clubes sumaron sus activos: Aguirre aportó sus terrenos y sus instalaciones, y Gálvez el escaso patrimonio con el que contaba: un alambrado tejido de 150 metros de largo por un metro ochenta de alto. Una vitrina con 32 copas y dos banderines.

El nuevo club adoptó el nombre de Coronel Aguirre, y los colores rojo y verde de Gobernador Gálvez. Juan Facchetti asumió como Presidente. A él lo acompañaron, como Secretario y Tesorero respectivamente, los señores Marino Bruno y Mario Realini. Rápidamente se obtuvo la Personería Jurídica y el predio donde se encuentra emplazado actualmente su campo de deportes.

La entidad estuvo afiliada durante varios años en la Liga Regional del Sur, donde participaban clubes de distintas localidades de la zona sur de la provincia, habiendo obtenido el título de Campeón en varias oportunidades. A partir de 1961 se afilió a la Asociación Rosarina de Fútbol, en la que tuvo varias satisfacciones y a la cual representó en el Campeonato Nacional Copa Argentina, y en el Torneo Regional (el precedente inmediato del actual Torneo Argentino B).

Bajo la presidencia del Sr. Diego Lavezzi, la primera división del club obtuvo por primera vez el título de campeón en el máximo torneo que organiza Rosarina: El Gobernador Molinas. Lo consiguió en el 2006, y luego repitió en otras tres ocasiones: en 2009, 2018 y 2023 (este último de manera invicta). Además, pudo posicionar a sus Divisiones Inferiores en la Zona A1, algo inédito hasta entonces, grupo de competencia del cual participan los clubes más fuertes de la ciudad y la región.

Algunos de los jugadores que salieron de la institución y triunfaron en primera división de AFA, son Oscar Fachetti, Adolfo Cavallero, José Luis Orellano y el "Negro" Herrero. El máximo representante surgido de Aguirre sin embargo, es Ezequiel Lavezzi, quien tuvo una exitosa carrera tanto en nuestro país como en Europa, y disputó la final del Mundial 2014 con la Selección Argentina.

*Reseña suministrada por la dirigencia del club.